Col successo riscosso da Aliens - Scontro finale si apri immediatamente il processo per trovare il copione adatto per continuare la vicenda. La 20th Century Fox commissionò tutta una serie di trattamenti e 10 diversi scrittori si misero al lavoro sul progetto, tra questi David Twohy (Pitch black), William Gibson (Neuromante), John Fasano (Guerra eterna per la TV), Eric Red (The Hitch-hicker). Solo questo costò alla produzione oltre 10 milioni di dollari. Un problema connesso ai costi riguardava anche la trama proposta: una delle versioni proponeva una lotta senza quartiere nella quale erano coinvolte una ventina di regine ma per realizzare il tutto ci sarebbero voluti circa 200 milioni di dollari, troppo. Un secondo problema consisteva nel riportare sul set Sigourney Weaver, che nel frattempo dal secondo film aveva ricevuto altre due candidature al Premio Oscar, una per la commedia Una donna in carriera e l'altra per il drammatico Gorilla nella nebbia. L'attrice era ormai un nome di punta a Hollywood e a questo punto poteva pretendere di avere un certo controllo creativo sui film cui decideva di partecipare. I vari negoziati portarono alla fine a riconoscerle il ruolo di co-produttore.

Alla fine, seppur distorto, venne sviluppato quello inizialmente pensato dallo sceneggiatore e regista neozelandese Vincent Ward, già autore nel 1988 di un interessante film su un viaggio nel tempo intitolato Navigator - un'odissea nel tempo. Ward era anche in prima fila come possibile regista ma venne poi scartato forse a causa dell'approccio sofisticato nient'affatto commerciale al soggetto.

Una prima stesura della sceneggiatura da filmare fu pronta nel marzo del 1990 e si svolgeva in un lugubre monastero completamente costruito in legno nel quale vivono dei monaci contrari allo sviluppo tecnologico e dunque ad ogni macchinario alimentato a elettricità. Niente luce artificiale, premessa in linea con lo scopo di recuperare gli elementi gotico-paurosi che avevano contribuito al successo del primo film.

La produzione di Alien3 era previsto che iniziasse nell'ottobre di quell'anno ancora una volta in Inghilterra, nei Pinewood Studios con un budget a disposizione di circa 50 milioni di dollari.

Come regista alla fine la scelta cadde su David Fincher, che non aveva precedenti esperienze nella realizzazione di film ma certamente aveva una solida carriera alle spalle come regista di video musicali per molti artisti, tra cui Madonna, Paula Abdul e Aerosmith.

La lavorazione del film si rivelò tormentata e complessa sin da subito, perché nessuno pareva pienamente soddisfatto del copione finale. La macchina produttiva fu messa in pausa e maestranze pagate giornalmente aspettando le modifiche che venivano apportate alla sceneggiatura dai co-produttori Walter Hill e David Giler, che firmano ufficialmente quella definitiva co-accreditati insieme a Larry Ferguson (Caccia a Ottobre Rosso).