La vita di Benjamin Linus/Henry Gale diventa la trama principale per svelare uno dei segreti dell’isola, ma anche per portarne in superficie un altro, ben più insidioso.La madre perde la vita dandolo alla luce nei pressi della Hanso Foundation (e non sull’isola come aveva detto nella seconda stagione) e il padre lo ritiene per sempre colpevole della sua morte. Il padre accetta un lavoro molto particolare che li porterà sull’isola, dove un giovane Benjamin farà una serie di scoperte sconcertanti, soprattutto per noi: i partecipanti all’esperimento della Dharma vivono nel villaggio che conosciamo, diviso dal resto dell’isola da un complesso sistema difensivo a base di onde sonore, ma soprattutto vivono nella paura di un’entità sconosciuta che sembra attaccarli dall’esterno.Ma l’entità in questione non è il famigerato mostro di fumo nero, bensì qualcosa di più umano, che sembra vivere sull’isola, ancora prima di loro.

Una notte Ben avrà la visione di quello che sembra il fantasma della madre, che lo fa uscire dal villaggio, dicendogli però che non è ancora tempo per lui. Il mattino dopo Ben farà l’incontro che gli cambierà la vita: una persona che conosciamo bene, perché è la stessa che ha assunto Juliet, ma che evidentemente non fa parte della Dharma.

Jack (Matthew Fox) e Kate (Evangeline Lilly) in <i>Lost</i>
Jack (Matthew Fox) e Kate (Evangeline Lilly) in Lost
E un Benjamin sopraffatto da anni di accuse da parte del padre, compie un gesto irrimediabile: porta alla morte tutti gli abitanti del villaggio per mano di questi personaggi sconosciuti, compreso il padre, il cui scheletro si trovava proprio nel furgone scoperto da Hurley ai giorni nostri.

Scopriamo così che qualcun altro abita sull’isola ed ha volutamente sterminato i componenti del gruppo Dharma. Ma dai discorsi di Benjamin Linus con Locke veniamo a conoscenza di qualcosa presente sull’isola, che lui definisce una “scatola”, ma solo perché Locke possa capire, che può esaudire ogni desiderio. E subito dopo Ben mostra all’uomo una persona, ovvero suo padre, presente sull’isola. Inoltre, Ben prende ordini da qualcuno chiamato Jacob, che però nessuno ha mai visto a parte lui.

Il flashback di Locke ci porta alla rivelazione che aspettavamo, ma anche ad una scoperta inaspettata: fu suo padre a farlo finire sulla sedia a rotelle, facendolo cadere da una finestra. Ma il padre di Locke è anche il truffatore che aveva distrutto la vita di Sawyer. E locke li mette uno di fronte all’altro, per più di un motivo. Sawyer ucciderà finalmente l’uomo che lo ha cambiato, ma questo non lo renderà una persona migliore.

Locke invece, si riunirà agli altri, perché Benjamin gli sveli i segreti dell’isola. E questi segreti hanno un nome: Jacob. Ben non ha nessuna intenzione di condividere questo segreto ed è disposto ad uccidere pur di mantenerlo. Quando porta locke in una capanna nascosta nella foresta, sembra parlare solo con una sedia vuota e Locke si convince di avere a che fare con un pazzo. Ma poi sente una voce e nella capanna si scatena l’inferno.

Fuggiti dal caos, Ben è fin troppo interessato a cosa l’uomo abbia sentito e quando lo porta alla fossa comune dove sono stati gettati i corpi degli appartenenti alla Dharma, gli spara perché nessuno sappia cosa ha visto. Rimasto solo e ferito, Locke riceve una visita: è Walt, che gli dice di alzarsi perché non è ancora finita.

Kate e Sawyer ritornano sulla spiaggia, ma la ragazza non vuole abbandonare Jack al suo destino ed è disposta a tornare indietro da sola per salvarlo.

A lei si aggiungono Locke, Sayid e la Rousseau, che Kate va personalmente a cercare per dirle di avere trovato sua figlia (Alex).

Il gruppo farà due scoperte: una postazione di comunicazione, provvista di antenna parabolica, gestita da un personaggio misterioso di nome Bakunin; una imponente barriera difensiva che circonda il villaggio degli Others posto all’interno della loro isola e non su quella più piccola.

Una volta reso inoffensivo Bakunin, lui racconta di appartenere ad un gruppo di persone che erano lì prima degli Others, ma la sua storia non convince nessuno. Nel frattempo Locke trova un computer che richiede di inserire alcuni dati, mentre Sayid scopre che la struttura è minata.