Forse, per la prima volta, un crossover di questa portata è così ben radicato nel tessuto stesso dell'universo Marvel da seguire abbastanza coerentemente i semi piantati dagli scrittori negli anni precedenti: Civil War è figlia delle guerre segrete di Nick Fury, dei nuovi vendicatori, della situazione in cui versano gli X-Men e della storia “L'altro” sulle pagine dell'Uomo Ragno.

Proprio per quanto appena affermato occorre una breve panoramica sul mondo prima dello scoppio della guerra civile.

Lo SHIELD, l'organizzazione spionistica fin qui guidata da Fury, è allo sbando dopo una missione segreta che il suo stesso direttore ha guidato per rovesciare il governo dello stato di Latveria; la minaccia è stata sventata, ma Fury è stato rimosso dal suo incarico ed è passato in clandestinità, mentre i supereroi da lui manipolati per ottenere la vittoria sono sempre più percepiti come minacce dai governi, soprattutto quello USA.

I vendicatori, alcuni feriti e altri morti a seguito della pazzia di una di loro, la mutante Scarlet, si sono sciolti e sono stati quindi rifondati da Capitan America. La loro immagine non è più quella di un tempo, visto che ora ne fanno parte personaggi invisi ai media, quali l'Uomo Ragno, o apertamente critici verso l'establishment, come Luke Cage.

I mutanti, sempre a causa di Scarlet, sono ora apparentemente meno di 200 e paiono quasi destinati all'estinzione.

L'Uomo Ragno, personaggio simbolo dell'universo Marvel, è mutato in un nuovo corpo, è entrato a far parte dei Vendicatori e ha trovato in Tony Stark, l'invincibile Iron Man, un amico e mentore.

Proprio Tony, coinvolgendo Peter Parker, sta cercando di intervenire su di un progetto di legge per la registrazione dei superpoteri e di coloro che ne possiedono da parte del Congresso americano quando, durante la puntata di un reality show con protagonisti i New Warriors, un supercriminale esplode causando centinaia di morti, tra i quali i bambini che frequentano una vicina scuola elementare. L'impatto dell'evento è enorme e in tempi brevissimi viene approvato l'atto di registrazione. Allo SHIELD viene dato mandato di perseguire, catturare e trattenere tutti i detentori di super poteri che non accettano di registrarsi e la nuova direttrice dell'organizzazione, Maria Hill, che pur dipendendo dall'ONU agisce in questo come braccio degli USA, convoca Capitan America per porlo alla guida dei caccia maschere. Cap rifiuta temendo le conseguenze che potrebbero derivarne per i suoi alleati qualora le identità segrete che hanno garantito la sicurezza delle famiglie e degli amici, ma anche degli stessi eroi, venissero svelate. L'atto di registrazione richiede inoltre una sorta di arruolamento coatto, previo addestramento, a chi dispone di superpoteri.

A guida di chi è a favore della registrazione si pone Iron Man e al suo fianco Peter Parker, smascherandosi in conferenza stampa di fronte al mondo intero.

I due schieramenti si scontrano più di una volta con morti e feriti da ambo le parti. Già dai poster promozionali si era intuito che l'Uomo Ragno sarebbe stato in qualche modo al centro di questo evento e infatti, pur avendo promesso il proprio sostegno a Tony Stark, Peter comincia ad avere dei dubbi: Iron Man e Mr. Fantastic hanno creato un clone dello scomparso Thor che impazzisce e uccide un eroe. Chi rifiuta di registrarsi viene imprigionato in una struttura nella zona negativa, denominata 42, senza processo alcuno e destinato a restarci fino a che non accetti la registrazione. Supercriminali vengono arruolati per dare la caccia ai loro vecchi avversari per conto del governo. L'Uomo Ragno cambia fronte e si scontra con Iron Man dopo un'altra conferenza stampa in cui rivela ciò che ha scoperto e che gli ha fatto cambiare idea; sulle sue tracce vengono sguinzagliati dei super cattivi che quasi gli fanno la pelle.